Hängt auch vom USB Stick ab.
Ich hab einen da sind 10 Ordner drauf und beim Abspielen haut er alle zusammen und spielt 457 Lieder in Folge ab als ob keine Ordner existieren.
Beim anderen kann ich über das Menü entweder Alle abspielen oder nach Genre oder nach Ordnern.
Die Ordner kann man dann einzeln anwählen und nur den Inhalt abspielen.
Ich habe das normale Ford Audio.
Autsch, das hört sich nach Problemen an.
Ich bin es derzeit gewohnt, an meinem Kenwood-Radio einen USB-Stick zu betreiben mit etlichen Ordnern und Unterordnern, insgesamt ca. 5000 MP3-Dateien darin. 
Also bei meinem Ford-Audio kann ich keine Ordner auswählen. Er spielt die knapp 200 Titel grundsätzlich so ab. Wenn ich Ordner erstelle, meine ich, dass ihn das nicht interessiert, weil ich das im System gar nicht auswählen kann. Ist aber schon eine Zeit lang her, dass ich das ausprobiert habe.
Moin,
hab hier mal ein Foto gemacht wie das Untermenü aussieht.
Mit dem Tune/OK Rad kann man hoch und runter wählen und durch Drücken auf die Taste Tune/OK kommt man dann zu seinen Ordnern.
Wie gesagt - ist nur das Ford Audiosystem ohne Sync3.
Da nicht für!!!
Also ab zum nächsten Ford Händler und ein "Probe-Hören" 
vereinbaren.
USB Stick mitnehmen und in Ruhe testen wie es funktioniert.
Viel Spass
Bei mir funktioniert die Suche und das Abspielen nach Ordnern problemlos. Ich habe zwar kein B&O aber Sync3.
Mein USB-Stick ist in Fat32 formatiert und 32 GB groß und fast voll (ca. 250 Ordner über 3000 Lieder).
Hoffe geholfen zu haben.
Das ist für mich DIE Nachricht des Tages! 
So ist es bei mir auch. Hab allerdings keine 250 Ordner aber die gleiche Größe (32 GB) und auch Fat32 formatiert.